Thông gió trong hệ thống cũng quan trọng. Bạn phải đảm bảo luồng không khí đủ để làm mát các linh kiện nóng hơn trong hệ thống. Trong phần lớn hệ thống dựng sẵn, điều này không chiếm sự quan tâm do hầu hết nhà sản xuất có tiếng tăm đảm bảo các hệ thống của họ có sự thông gió đủ để tránh nóng. Tuy nhiên nếu, bạn đang xây dựng hay nâng cấp hệ thống, quan trọng là bộ xử lý được làm mát bởi bộ tản nhiệt rời và thùng máy bao gồm một hay nhiều quạt làm mát để tăng sự thông gió. Nếu có nhiều khe mở rộng trống, bạn nên đặt các board cách nhau trong hệ thống để có luồng không khí giữa chúng. Đặt các bo vận hành nóng nhất gần quạt hay các lỗ thông gió nhất. Hãy chắc chắn có đủ luồng không khí chung quanh ổ đĩa cứng, đặc biệt cho những ổ đĩa quay vận tốc cao. Một số ổ đĩa cứng có thể phát sinh nhiều nhiệt trong khi hoạt động. Nếu các ổ đĩa cứng quá nóng, dữ liệu có thể bị mất.

Luôn luôn đảm bảo hệ thống vận hành với thùng máy, đặc biệt nếu có một hệ thống cũ dùng bộ tản nhiệt cố định. Tháo nắp đậy trong tình huống thực sự làm hệ thống quá nóng. Với nắp mở, bộ cấp nguồn và các quạt thùng máy không còn kéo không khí xuyên qua hệ thống. Thay vào đó quạt chỉ làm mát bộ cấp nguồn và phần còn lại của hệ thống phải được làm mát bởi sự đối lưu đơn giản. Các hệ thống dùng bộ tản nhiệt rời trên bộ xử lý không dễ xảy ra loại sự cố này; thực tế, không khí mát hơn từ bên ngoài thùng máy được đóng bình thường có thể giúp chúng vận hành mát hơn.

Ngoài ra, hãy chắc chắn bất kỳ vị trí khe trống nào cũng đều lắp đặt giá che. Nếu bỏ những giá che này sau khi tháo một card, lỗ này phá vỡ luồng không khí nội bộ và làm nhiệt nội bộ cao hơn.

Nếu bạn có kinh nghiệm các sự cố không xảy ra liên tục mà bạn nghi ngờ có liên quan đến việc quá nóng, một bộ cấp nguồn thay thế công suất cao thường là cách xử lý tốt nhất. Các bộ cấp nguồn được thiết kế chuyên dụng với công suất quạt làm mát bổ sung cũng có thể giải quyết. Có một số công ty bán một thiết bị được gọi là fan card, nhưng tôi không tin chứng là ý tưởng tốt. Trừ khi quạt này để hút không khí vào thang máy, tất cả điều nó làm là thổi không khí nóng trong hệ thống và làm mát cho bất kỳ thứ gì mà nó thổi đến. Thực tết thêm quạt theo cách này góp phần thêm vào tổng thể nhiệt bên trong hệ thống bởi vì quạt tiêu thụ điện năng và sinh ra nhiệt.

Các quạt trên CPU đồ họa là một ngoại trừ bởi vì chúng được thiết kế chỉ để làm mát CPU hay GPU. Hai chip này vận hành nóng hơn những thành phần khác trong hệ thống mà một bộ tản nhiệt cố định thông thường không thể làm mát được. Chúng cần bộ tản nhiệt rời chuyên dựng được đặt trực tiếp lên con chip hút nhiệt khỏi nó và cung cấp hiệu quả làm mát điểm giữ không cho lên nhiệt độ. Một hạn chế đối với những quạt làm mát bộ xử lý này là nếu quạt này hỏng bộ xử lý nóng lên tức thời và bị hỏng. Phần lớn bộ xử lý Intel từ Pentium III và các bột xử lý AMD hiện nay có sẵn bộ phận an toàn ngăn ngừa hư hại bằng cách tự động đóng hệ thống hay điều chỉnh lại tốc độ đồng hồ của con chip nếu nó quá nóng. Tốt nhất không phụ thuộc vào những thiết bị an toàn này bởi vì không phải bộ xử lý nào cũng có nó.

Một thử nghiệm đơn giản bạn có thể thực hiện trên bộ cấp nguồn là kiểm tra các điện áp đầu ra. Điều này cho biết liệu bộ cấp nguồn đang hoạt động tốt và điện áp đầu ra có nằm trong phạm vi dung sai chính xác. Lưu ý rằng bạn phải đo tất cả điện áp với bộ cấp nguồn được kết nối với một tải thích hợp, nghĩa là việc kiểm tra trong khi bộ cấp nguồn vẫn được lắp đặt trong hệ thống và được kết nối với bo mạch chủ và các thiết bị ngoại vi.